mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGACACTGATTACAGATGC ATCTCGAAATTCAATGTCATCAG AAGTATATAAAATGTATAAAGTATCTCGAAATTCAATGTCATCAGAAAGATTTCACATATCCCGCCGTCCTCTGATTGGATCAGACCCCCGGAGACCTGTTGGGTTTTATCTGGAAATCGTCATTGACAGAAGACGAAACGGAATGTTCAGCAAATCGATCTTCATGACACTGATTACAGATGCGTTATACAAAATGGAAGTA GTTAGTTTTTATCTTTATTTTTCAAATATACAACATTTTTGGCGTTGGAAAGAAATACATGTACTAGTACACTGATCATACAGAGAAAAAACGTAGCTATGTGGATACTGCTTATTTATCTTAATTTTTCAAAATCACCCCTCTTTTTAAAGTTTCAGGGTGAAATTTCATGGTCAGATACAGCAGGATCCGAATAGATATGATTTTCTCTCATGGATAAAAACATTTAAGCATAAAACTATTGCAACGTTTACACTGAAAATATGATGACAGGAGATAGATTCTACTTAAAATAAATAAAGATGAGTTAATAACAGAAATTAAAATTAGGTGAAAGGTAGTTTAAATTTCTTTTTGATTTTTTTTAATTGATAACTTAAAACAAAATTTTACAGAGGTTTCAGAAATTAGTTCAACAAAACTTTTAAACTACTTTCTAACAGGCCTCAGGAAAATGGCACTGGGATGAAGTATATAAAATGTATAAAGTATCTCGAAATTCAATGTCATCAGAAAGATTTCACATATCCCGCCGTCCTCTGATTGGATCAGACCCCCGGAGACCTGTTGGGTTTTATCTGGAAATCGTCATTGACAGAAGACGAAACGGAATGTTCAGCAAATCGATCTTCATGACACTGATTACAGATGCGTTATACAAAATGGAAGTAAAGACTCATTACACATTTCAGTAAAAATATT 4 2 3' arm Crassostrea_gigas mirnest 100 100 -48.3 ............(((((((.((((((..((..(((.((((((.(((..(((((...((((.(((.((((.((((..(((....((...((((((((((...)))))...)))))...)).)))....)))).))))...))).)))).....)))))..)))..)))))).)))))..)))))).)))))))..((....)). (-48.3)