mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGAATTGTTGTTGCATTGTA CGAGGTGACAAAGATTTAGAA AACATTTTCTAGAAATGCTTCATGAATTGTTGTTGCATTGTAGAAAATTCACCTAAATGCGAGGTGACAAAGATTTAGAAGAGTTTGTAGGGGAGGGA GGGGGGAATGCCATGGCCAGGTTGAAAGCAGCCGATCCCAGTTATATTCAGTGTCCGCGCTATTTGATATCTATTTGGGTCAAACATTTTGAAAAACCCACGCCGTTAGACAAAGAGCAAGGATTTAGAATGGGGGATTTTTTTCGGTAAATGGGCTGCTCCCAAAACTTGAAAACAGTGTACCATTCCAGAGGCCAAGGAATTCAATGAAACACATCTGTTGTGACTATAACAATCGAAATGTGTGAAAATTTTCAGACAATTGTGAAACTGTGACCATTGGGATGCTGTGAACTCTTGATATCTAATGACAATGGATTATACTGTGGATTTATATCGTTCATTTTGTTAAGAATACAGTTGGAAAATTTTAAATGATGTTGTTTTGTTGTGTATGAAAATCTATAAGACTTATGTCTGTTAACATTTAAAACTATTGCATTTAAATCCTAAGGTTTAAAAAGTAGAAAGAGAGTTTCATAAGGAACACAAAATGAACACTCCCTAAATGATAACAAACTATGTTTAGAAGAAAATTTCAGTCAAATGTTTTGTAAACATTTCTTAGAAATGTTTTTAGAATGTGGATTATAACGTAACAGAAGAGACGCGTATTAAATTGGAATAACAGTTTGAATATAAGTTTGTAAACATTTTCTAGAAATGCTTCATGAATTGTTGTTGCATTGTAGAAAATTCACCTAAATGCGAGGTGACAAAGATTTAGAAGAGTTTGTAGGGGAGGGAGGGAAAAGCAGGTATGAGAGACGGGTTCGATAATCATAGAGGAGAGGGCATGGGAACCCGAGAAAGGATGAAGGAAGCAGACAGATGGAGAGGATATTGGCCGAGTTTCTTGCTGTGCTACGTGGAGTACGGAAGTGGAGGGAGATGGGTGAAGGAAGAAAAGATGTGGAGAGCGGTACGGGTGAAACGGGGCAACGAGAAACAAGTTAGAGTGAGGAGGAGTATTTTGGGGGATAGTAGAATGTAGAGAACAAGAGTAAAGGTGGCAAGAGACGGAGAGGCAAGGAGAGAAAGCAGAGATGGTAAGACGCAGGAGAGGAGAAGACGGATTGAATGATGCAGGGAGATCGTGGGGGATTCATCTGAGCCTAATGAAATAACAGATAAGAGATGTAAGTACAAGCAGGGGACGAAGATAC 3 0 5' arm Crassostrea_gigas mirnest U6 0.0003 100 -23.4 ....(((((((.((((.((((.((((((.(((((((.(((((...............))))).))))))).)))))))))).)))).))))))).... (-23.4)