mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGCACCAGGATATTGTGGA CAGGATGTAGATGGTCTCACA GCGGTGAGTTGTGAGCACCAGGATATTGTGGAAAGACTGCTGAAGACCAGCATCAACCTAAAGCTTCAGGATGTAGATGGTCTCACAATTACAGA CAGACGACGAGCTCGGAATTTCAGAAGAACATGTCGACGAATTAAGCGAGCTTTTCCATCTAGCATCTAATTTTGTGCGATCTTCCACGAATAGCTTTAACCAAGAGCAGCTTCTCTATTTGTATGCTAGGTTTAAGCAGGCTAATGATGGACCTTGTTTTGTTTCTAAGCCTGGAATGTTTGACTTTCAAGGGAAAAAAAAGTGGGAAGCATGGAAAAGCTTGGAAAATAAAACCAGAGAGGAAGCAATGAAAGAGTATACATCAAAGGTGACCTTAACTGTGCCAGACTGGAATTTGCAGTTTGACAGGAGACAGGCTGGTGATGGGTGGGTAGGTGTCAGCACAATGTCCAACACAGACACAGTGATTGAGGACAGAAACAAGACGGCCTTTGATTGGTGCAAGGATGGGGATACAAAGCATCTACTGCACTATCTAAAGACCACCAAAACAAACATCAACAAACAGGATGAAAATGGAATGACTATACTTCACTGGACATGTGATAGAGGCAACATTGAAATGTTAGATGCTCTTCTTGGCCTCAAAGCTGATCCAAATATACAGGATAATGATGGACAAAGTCCTCTGCATTATGCGGTGAGTTGTGAGCACCAGGATATTGTGGAAAGACTGCTGAAGACCAGCATCAACCTAAAGCTTCAGGATGTAGATGGTCTCACAATTACAGACATTGAAACCACTCCAGAGATAAAGCACTTGCTAGAACAATATGTTACCTGATATATGCTTCATTCATACGGATTTTAAGAACAGTTTATGAATTTACATGTCTTTCATNCATTTTAAATGG 3 2 5' arm Crassostrea_gigas mirnest 100 100 -23.3 ...((((.(((((((.((((..(((((.((((.....(((((.....)))))............)))).)))))...)))))))))))))))... (-23.3)