mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAATGCATTTATATGGCCAA GGTTTTATTAGTCGTTTGCT ATCTTGGTTTTTGGTTTTATTAGTCGTTTGCTTTCTTAATGCATTTATATGGCCAATACTGCGTA AAATTATATTTTCATTTAATCTCAAAAATATAAAATGAACTGTCACAAATATACATTTAATTTTATCACAAAAAACCATTTCTTGGACTTGCATAATGCATCCTTGTCAAGACGCAATACATTATAGAAACATATGTATCTGAACAAAATGGTGATAAATAATAAAACACAAACTCAATGAAATCAATTCATGTCTCTCTGACCTTCACAAACTAAATTTTACAGCACTGCTTTCTATTAAGTCTGCTTGGCACTTCTGTATATTGCATTCTACATGTATATATTTACAGTGGCATATTACCCTCTATGCATATATAACAATTCTTTCAACGAATTAATTTTTAAAAAAGATGTTGGAATTTTAGTACCAATATAAGAAAAAATAAAATGTACTATTCCATTCAGTAAATTTTCTACTGTCTATACCACTGAAATATAAAACAGGTGGGAATCTTGGTTTTTGGTTTTATTAGTCGTTTGCTTTCTTAATGCATTTATATGGCCAATACTGCGTATACATATTGTGCTCGTGTCATCCAGTTTAAATTACAAAGCGTCTTCATTAATTAGGTTGTAAATGTACTCTTCAACAGACACAGGTAAGACACCTGTAAATCAATATCCACGTGCGGACCATTCATGCATCATTATCATTGGTTCATCAATTAT 4 1 3' arm Crassostrea_gigas mirnest 100 100 -10.8 .....(((..((((((.(((.(((((((.........)))).))).))).)))))).)))..... (-10.8)