mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTTAATAAGTATGTA CGTACAATATGAACATTCACTC TCATGTACAAATGGAATGTTAATAAGTATGTATCAAAAAATATTCTCATTATCTACAGGATTTGAAATGATGAATAATCGAGATATATATACACATGATATATAAGTACGTACAATATGAACATTCACTCCTTGACTT CGACTTGATTTTTGTATTTATTAAATCATTCTATGTTTACAATCTTGGTAATAAAATGGTTAGTACATGCAACAAATGGTGTTCAATCATGTTAGAATCAGATTTAAAATACAAGAAAGTCATACAATTTTTCTCATCTCTATTGAATTTTTTTTAATGATCTAAAGATACAGAACTAAATCCCAAAGTTAAATTGATAAATATTAATAAAACATACATATATAGTACTTAGATGAATCTACAATATTCAGTTATGGACAATTATATGCAATTTTACATTGCGGATATCTACATCTTTGCTATAAAAATTCATGTACAAATGGAATGTTAATAAGTATGTATCAAAAAATATTCTCATTATCTACAGGATTTGAAATGATGAATAATCGAGATATATATACACATGATATATAAGTACGTACAATATGAACATTCACTCCTTGACTTTTGATATCCATTTTTGTTTTGCAATTGATCTTTCATTAAAAAAAAAAACCAATGAAATATTTGTTGAAATCCTTTTCAATTTAAAAATAATTGCCATACAAAATTGGAACCAAAGCTATACATATATACTCCTTATATTCACAGCATTCATATAATGGCACTTCAACTTGCTCAACTATATAAAATATATACATCACAAAGAATATTTACATCTGATATGTTTTGATATGGTGTAAGGGCAACATGCTACTCCCAGGTACAAGTTTAAGCATCACACTCTCTCATTCTCATTGTTTAATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT 4 1 5' arm Crassostrea_gigas mirnest 100 gga-mir-1b 0.0004 -19.4 .............(((((((.(((.(((((((((......((((((((((((((...))))....))))).)))))...))..(((((((.......)))))))..)))))))..))).)))))))............ (-19.4)