mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTGTGTACATGTACATGTA TGTGTAAAAGTATGCAATAA CTAACAGCCCAATGTGTAAAAGTATGCAATAAATTACAATACTGTATTTCTCAATTCGCAAACAATGTTCATGTTTCCCGTCCACCGAGTAAATACATGTAAGATCTGTGTACATGTACATGTACCCCTTTTC GCGAATCTTTTATTTTTCTAGAATGTTTGTGAATTGCTTTCATTTTCTTTAGTCTGTTAGTAAGCTATGAATTGACTGTCTAACAGCCCAATGTGTAAAAGTATGCAATAAATTACAATACTGTATTTCTCAATTCGCAAACAATGTTCATGTTTCCCGTCCACCGAGTAAATACATGTAAGATCTGTGTACATGTACATGTACCCCTTTTCTGTTACCATGGTTACTCATACTTTTTAGACCCAGTAACTCGGGTACTAGAACTCCCTTTTCAGATTTTCTCTTTTTTTGGTCGTGCTGTGCTAGTGCGTAAAATTGAACTTTGGAAACTTTGAATAGCCATTTTAAAACAAGATGCATGTAATTAATGCATTTTCAGAAAGGTCTCTTTTTCAAAAGACAGCCCTTGAAACTATCATAACTTTCTTTTCATCTTGTACACGTTTCGTATATCTTGCCAAATTTAAGCCGTTTGTTACTTGTAGGTAATTGGTTTTGTTTTTCGTAGCTTTTGCAATCCAATTTGATTGCCCTCTCATTTCTTTTTGTAATTAACTTAAATACATTATGTACTTTAACCCTAACCGCCCTGAATCCTCCAAAATCCTTTTTGCAAATTGGAGGAATTTGCAGGATTGAGGTTACATGGCAAAAGTGGGTTGCTGATT 4 1 3' arm Patiria_pectinifera mirnest 100 100 -20.8 ...........(((((((...(((((((((...(((((....((((((((((....((.(((((.......)))))..))......))).)))))))))))).)).)))))))...))))))).......... (-20.8)