mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGTGCGACTGGATCGTATT TATCGTCCAGTAACGCTATCT AGCTGAAGGAGAAGGTGCGACTGGATCGTATTTGGATTGCGTCCAACAATTGCCCTCATTCGTTTCTCATCGGATGGCCTATCAGCAATTTTATTGCACATTTCTCGTGAGCGTCAATTTGCATTCTGCTTGCATCAGTATCGTCCAGTAACGCTATCTTCTAAAGA GTACAAAAAAGTTGGAGATGATCGTCGACGAACTGATATGAGGCGTTCCTATCTTAAAGAGGGTGCCGTACAGTTAACCGCTCTCGATTCATTGCTTACACATTCGAGATATTTGTTCCTCTTCAGCGATCTCCTTCTTGTCGCGAAACAAAAAGCGGCGAACAGCTATAAGCTGAAGGAGAAGGTGCGACTGGATCGTATTTGGATTGCGTCCAACAATTGCCCTCATTCGTTTCTCATCGGATGGCCTATCAGCAATTTTATTGCACATTTCTCGTGAGCGTCAATTTGCATTCTGCTTGCATCAGTATCGTCCAGTAACGCTATCTTCTAAAGACTAAAGAACA 4 0 5' arm Ascaris_suum mirnest 100 100 -39.6 ..((..((((((.((((..(((((((.((((((((((...)))))..((((((..(((((((........))))))).......))))))((..(((.(((.....))).)))..))..((((.......))))..))))).)))))))..)))).))))))..)). (-39.6)