mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTCTT AAACCAGAGACTGAACTGAA TTTTAGAAGCTCCCATTAATAAAAACCAGAGACTGAACTGAACCTGCCTTTGATGAAGAGGTTTTATTTACATTCTTTTTTTTTAATTTTAAGGTTGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTCTTGTTTACTTTTAAGATTTCG ATTTTTGGGACAAAACACACTGATAGCAGTGTGAGAGAGGACTATATTTTTAGAGTTTACACGTCACGCTTGTACTAACTCGATTTCACTTGGTATTGTATCTGTGGCCATTTTGTTTTGGACATTGTGCGACGCTCCTTATAATCGGCTTATTTCTCTGGGCGCAGAATGGCACAAAGGAAAGCAATCGATTTGGGCTTTTAGAAGCTCCCATTAATAAAAACCAGAGACTGAACTGAACCTGCCTTTGATGAAGAGGTTTTATTTACATTCTTTTTTTTTAATTTTAAGGTTGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTCTTGTTTACTTTTAAGATTTCGAGGCCTGCTGTTTTTCTATTTAAGAAGAAAAGCAACCAACCCAGTGGAGATACAAGATTTCTACTGATACATTTGTATATAGTTTTTTGCTATGTTCCAAATAAAATTAATAAATAAATCATAAAGAATTATGTTCATTTTGAAGTTTTAAGTGTCTGGAATGCATATGATCATCTAATCAGACTGCCTATGCCATAGTCTTAAAATATCAGTCGATTTGAAGGGTTTTTTGTTAAAGAGGCAGACTATTGCCATCATATTTGGACTGTTTTTTGTATGTCATGGGGATGTTGTATAGTGTGAAAGAAGCAAAAAAAGTCTTGCACAGCAGTTTGGAGTTAATTGTTTTT 4 1 3' arm Dicentrarchus_labrax mirnest 100 100 -24.8 (((((((((........(((((.(((.((((((.((((.((((..(((((.((.(((((((............))))))).......)).))))).))))..)))).)))))).))).)))))..)))))))))..... (-24.8)