mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGTGCTTCCCTTTGGACTC GTATGAACTGGTGGCACACTTCT CATGCGGCGGGAAGGTGCTTCCCTTTGGACTCGTATATCTCTGGAGTATGAACTGGTGGCACACTTCTATCAGATG ATCAGACAGCTGGTACATCAAGCCAGAGTCCCCTCACTACCAGTCCATCACTGTAAATTCCACTGCTGGTTTTGATGAGGAAAGCTTTGGGTCATTTGTAACCACAATGGTGAACATGCGGCGGGAAGGTGCTTCCCTTTGGACTCGTATATCTCTGGAGTATGAACTGGTGGCACACTTCTATCAGATGAATAAACAGGTGATTGAGATGGTAGAGGAAATGTTTGAGAATACCGAACTGATGCAGAGCCTCCGCAATGCCAAATATGATTTGGTACTAACAGACCCTGGAATTGGTGCAGGGGTGCTTCTGGGTCACCGTTTGGGTCTTCCACTTGTCTTGAATGTGAGGTGGACTATTCAGGGTGAGGGGCATCACGCAATTGCACCTACCCCATTGTCGTATGTCCCAATTCCAATGACAGAGCTGACCGACAAGATGACATTTCCCCAGCGGGTCAAGAATATCCTTTACTATATCTTCACTCGTATCCAAATTTGGTACATAACAGACCCAAACTACAAACCATTTGTCCATCGTTACTTTGGAAATGATGTACATTATATGGAGCTGTTCCAGTCAGCAGACATCTGGCTGATGAGGAATGATTTTACCTTTGAGTTTCCACGACCCACAATGCCAAACATCGTCTATATGTCAGGATTTCAGTGCAAACCCTCAAAGCCCCTCTCTAAAGAACTAGAGGACTTTGTCCAGAGTTCTGGTGAACACGGGTATCATTGTGATGACATTTGGGAACCCCTGGGTGGGCAAAAACTTCCCTGAAGGACATTGCTGAAAGAANANTTGCCGCTGCCTTTTTGCCCCAACTTTCCTCCAAAAAGGNGANTCTTGGAAGGTTACAAAAGGAAAAAANNAACCNNTCCACCCCNTCCGGCAAACCAACNNCNTTTACTTNTTTGNAACTNGGGCCTGCCCTNNCAAAAATGGAACCTTCCNGGGGGNTCNCCCCCAAAGAAACCAAANANTGGTTTTNNGGGNCNTCCCTGGGGANGGCCCCCCAANNNGGNANTATCNGGGAAGGCCCCNTCTCTCCCNGNNGGGGGNTNCCCCCCTTTGGNNGGNCCTTACCCCTTNAAATGGTTTTNNAACCCANTAGGGAAAAAACTTTCTTTNCAGNAATAAAAANTCAAGGAGGGGGNGGGNCCNAAAGTTCCNTGGNAANNTCCCCA 3 2 5' arm Dicentrarchus_labrax mirnest 100 100 -19.4 .....((..((((((((((.((.((((.((((...........)))).))))..)).))))).))))).))..... (-19.4)