mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTTGTTTGGGTTTGTTTTT AAATTGACTAATGACAAAA TGCCAGGAATTTGCCGCAAGAGAAATTGACTAATGACAAAAAAGGAACATGCCCTCGCCTTATGTTACTCTCTTTTGTTGTTTGGGTTTGTTTTTATCCTTGTTGTGGGTAAAA TATGAGAAGGTTCCTGTGATCCTGGTGGGGAACAAGGTGGACCTGGAAAGCGAGAGGGAGGTATCGCCCAGCGAAGGTCAGGCCCTGGCAGAGGAGTGGGGCTGCCCGTTCATGGAGACTTCGGCCAAGAGCAAAACCATGGTAGACGAACTGTTCGCTGAGATCGTTCGGCAGATGGACTACGCTGCCCAGCCAGACAAGGATGACCCCTGCTGCTCCTCTTGCAATATACAATACCCCCGGGGGTACCCAGGAACAGGCCAGGCAAAAAGTCTACTTACAGCAAGCTACTTCGATTCTCAGCAGAGACATACGCACTTAGACACACACACACATGCACATGCCAATTAAATGGAATATAAATTCATGGATGAACGCGATGGATTTTAACTCTATGGAGCATAAAATCAGCAGTGACATGATTATTATTAACGACATGTGAGTCATGAATACATTTTGAAGGAGGAATGCCAGGAATTTGCCGCAAGAGAAATTGACTAATGACAAAAAAGGAACATGCCCTCGCCTTATGTTACTCTCTTTTGTTGTTTGGGTTTGTTTTTATCCTTGTTGTGGGTAAAATCATCACCAAAGAATCACAGATCACGATCTTTACTCTTTTAGGTTGCTCTACAATCTGATATAAATGAGTAACAAAGCCGTCGCCTGCTTTCATTTGTATTA 1 2 3' arm Dicentrarchus_labrax mirnest 100 100 -24.1 .........(((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((.........))))))..))).))))))))))..)))).))))))...)))))....)))))). (-24.1)