mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGTAGTCTGCACATTGGTTA CCCAGTGTTCAGACTACCTGTT TCCTCACCCCCCCGCCTGCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCATCAGGCTACAGCTGAACAGTAGTCTGCACATTGGTTAGGCTGGGCTGGGACGCAC TCCTCACCCCCCCGCCTGCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCATCAGGCTACAGCTGAACAGTAGTCTGCACATTGGTTAGGCTGGGCTGGGACGCACACACCTCCAGCCACCGTGGGTGATGATACCAAATCTCTACTTGGGATAGCCATCAGAGCCAAATACAGCATCTTTGTCTTTAAGCATTCCTATGGGGCTGTGTCATCTTATATTAGCTAGCCATATCCCTGTGTCTCCAGTGAACAGCAGTGGGACAGAAGTCTCGCTCACCTCCTCATCTTTGTACCAGGACAGGGACTCTGCAGTCAGGACAAACCAGTACCCCTTGGAGCCGCCCTTCATGATGCTGATGTTGATGGTTAGCCAGCCTTTCCTGATCACCTGCATAGATGTGGGAGAGAGAAAAGGGTGGTAGGGAGAGAGGGGTACCAGGAGGATGGAGGAAAACAGCTTTGTCAAACAGGCTTATGCACTGGTGACATGAGAGCCCCTTGTGACTGACACTAAAAATAAAATCTTACCTGCTAGGTCACTGT 2 1 3' arm Dicentrarchus_labrax mirnest mir-199 2e-36 dre-mir-199-3 6e-33 -41.9 ......((((((.(((((.(((((((.((((((((.(((((....(((....)))))))))))))))).))))))).))))).)))..)))...... (-41.9)