mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAATCGGT CGATTTCTTTCGGTGTTCAGA TTGTCCTGAATCCAAGGTTGACCGATTTCTTTCGGTGTTCAGAGTCTGTTTTTGTTTCTAGCACCATTTGAAATCGGTTACAGTGAAGGACAGATCT GCGGCAACCTCCATTGCCAGCAAATGAAGCCAACACGGAAGTATCAAAAACTGCAGTTCCTCCAATGGCCACTTAAAGCTGGCTACAGAAGTAATCAATCTCCTTAAGGCCCCATATAAAATGTCCAAATTTACAGCAGAAATAAACATGAAAAACCCTTCAGAAATCTATGGGAGACATCACACACGCTGCATCTAGTTTTAACTATGCAGTCCACTTATGGGTGAGCAGTGTATTTCACTAGCCAGCATCAGGCAGCTGTGAAGAGGTGTCCAGAGACAATTTCACTTCTCTCAAAGTATCGCTCCCTGAGGCTCTACTCCGTGGACTACTATCCACCAGTCTACAGTGATGTTTTGACAGCTCAAGCTCTTTTGTCCTGAATCCAAGGTTGACCGATTTCTTTCGGTGTTCAGAGTCTGTTTTTGTTTCTAGCACCATTTGAAATCGGTTACAGTGAAGGACAGATCTCATCGTACCTTGAGGAGGATTTTGGAACTACGCTGTGCTCTTTATTTTACGGACCGATTGACTGCAGTGAAAGTTTGTTTTACTCTTACAGTGGTCACCAGCTTCTTGAGTTCTCCATCCAAGCTGGATCTCTCACTGATGTC 4 1 3' arm Dicentrarchus_labrax mirnest mir-29 2e-17 tni-mir-29a-1 2e-23 -29.6 (((((((.....((..((.((((((((((....((((((.((((...........))))))))))....))))))))))))..)).))))))).... (-29.6)