mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACATACACACACACACACGC GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTT TTCCCAGCAGACACATACACACACACACACGCACACACACTCATACACCAACACATACACACAGCTGCTTGTGCTTACAGGTCTACAAGGGAGTTGCAGTATGGGAATGCGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAGCAGCAC TGAGTTGATCCTCCCTGTGCGCCTCTTGACTTGTGATGGAGTCTGCTATTGGTGTGCTGGTGTCCAAGTTCAAGGCGTATGCTGGTAGTGACGGTTCCTCTGACACACTGAGCAGAGATGAGTTTCGCAGTCTGGTCACATTAGAGCTCCCCAGCTTTGTCAAGAATGCTGGCGACCCCACTGCCATGGACCAGCTCATGAGCTCATTGGACGAGAACAACGATGGAGAGCTCAACTTCCTGGAGTTCTGGCAGCTGATTGGGCATCTTGCGTGCAAACATGGGGGGTTCAGCCAATAGAGTGTCCTCAGATGCACTGTTACAGTTCCACGTGTGTTACTAAATTGTCTGTGTGCCATACACTTAGAGAAAATGGGAAAACGGCCAAATGGAAAACACCCTAAACTCTGATTCGAATGCTAAATGCTGTGTTTTTCATCAGTAGTGTGAATTTCTCCTCACCCCCATCCTCTCACCAGCAACTGCCAAACTGGCAGACTGTTGTGTCACAGAATACTATTGATCAGTTTCAGCAATATTAGAACCAGTCCTAGTTCCCAGCAGACACATACACACACACACACGCACACACACTCATACACCAACACATACACACAGCTGCTTGTGCTTACAGGTCTACAAGGGAGTTGCAGTATGGGAATGCGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAGCAGCACTATGTATTCTTGGCGTTCCTAATTCTTGGAAAACACACCTTGTGGAGTAAATCACCTCCCACCAGCAACCAAACAGAGGTGTGGTGTGTCGGCAGAGAAAGATTAATATGTTAAAA 0 0 5' arm Dicentrarchus_labrax mirnest 100 100 -68.2 ......((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((.........(((((...(((((.((((((((....)))..)))))..)))))..))))).........))).))))))))))))))))))))))))))))))).))..... (-68.2)