mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGACCTTTTGGAGTGAT TGCTCTAAATTTCCAAATGC ATCACATAAATTTGCTCTAAATTTCCAAATGCTATATAATGTTTTAGGAAAATGCCAGAAACTATTGTTTTAATTTTGGACCTTTTGGAGTGATATTTATTTC GTACAAAAAAGTTGGCAAACTAAAAGTAAAAAACCTGAAAGAGCTAGCTGAATTGTTTTCTGAAAAGGAATATGAATATTTCAAGAAACAAAATGAGGGGGAGGAGCATTAATCGAAAGCTTGTAGGTGTTCATTGAAAACTAAGATATTTGCTGTATCACATAAATTTGCTCTAAATTTCCAAATGCTATATAATGTTTTAGGAAAATGCCAGAAACTATTGTTTTAATTTTGGACCTTTTGGAGTGATATTTATTTCTTGTTCTCGCTACTTTCCATTTATTTCACTTTATTTGTTGTATTTGAAAAATCTTCGGTTATCCTACTACCTAGGTTTTGTATTTCTAAACATAATGAATTGAAAAATGCCAGCATATGTGCTTATTGCAGTCATTAATTCTGCGACTATT 4 1 3' arm Heterorhabditis_bacteriophora mirnest 100 100 -23.7 .....((((((((((((((((..((((((......((((((((((.((......)).))))).)))))......))))))...)))))))))).))))))... (-23.7)