mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTTGTGGTCTAGTGGTTAGG AGCCTCTTAACCACAACTAT GAATTTAAGTCCAGCCTCTTAACCACAACTATTTACCGCTATTGTGGTCGCAGCTTAATTACTCACAGAAATCTCTTCCCTCTGTGTAGCCGCACCCGTAGTCCGTTGTGGTCTAGTGGTTAGGATTTACGGC GTACAAAAAAGTTGGCTAATATGTTTTCATAATAAACATAATTTTAATCTTCTCTGTATCACATTGACTTTCTCACTCGCACTGATAGAGTAACAGTCTCTTATTTGGTAACAGATATTGCTAGTTTTGATAAAGAAACTCTTCGTGAAGTTATAATTTTGTCTAATGATGAGGACATTTTTTTTGGCGTTAAATCCTGCTTCTGTTTCTTGTAACCGACTTCCTAACACTCTTTCTGTCACATCTTCGCGTCCAAGGAATAAAAAATTGGCCTTTCATTGCAGGATCTTCATGATAATTTATTACCACATCATACTTTTAAATTGATACTCTCTATATTCATATAAGATGTATAGATCGTTAGACATTGATTGGTTAACAACAATAATATTTAGCGCGAGTTGGGTTTAAACCCATGAGGCGTCGAGTTCATTAGAATTTAAGTCCAGCCTCTTAACCACAACTATTTACCGCTATTGTGGTCGCAGCTTAATTACTCACAGAAATCTCTTCCCTCTGTGTAGCCGCACCCGTAGTCCGTTGTGGTCTAGTGGTTAGGATTTACGGCTCTCACCCGTAAGGGCCGGGTTCGATTCCCGGCAACGGAGAGGTCTTAGCACTACTTCTATTAGCACATAATTGGGCGCTGATTTATATCCTTACGATGCTTTATCTATTC 4 1 3' arm Heterorhabditis_bacteriophora mirnest tRNA 0.0000001 100 -35 .....(((((((((((.((..((((((((........(((((...(((.((.(((........((((((...........)))))).))).))))).)))))..))))))))..)).)))).))))))).... (-35)