mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATATATACACACATGCAC GTGTGTGTGTATGTGTATTAT GGCTACACCGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATTATATATATATATATACACACATGCACACATACAATG TCTGGATCTACCAGTGGAATTCTACATTAGTTGCAATTTGATACGGAATCAACAAATCTTTTTGAGGTGGCTGCACTAAAAGGGAAAGGGATCCATATCGTTAATGAAAACAAGGAGGGCACGTGTCGAACTCAAATGGTGGTTCGTGATTCAATTGAGATGCACTGAAATCGAGTGTGTGCCCGTGAAATCGAATGATTGGCATCTTGTAGTGCCTGAAATTTCAGATGTAATATAACACAGTTTCTGTGTAATATGCACATAATTAAATTGGTCTGAAAAATAGTCGGTGAATTTCTGTGATGTTGCTTTCTTTTATTAGATCCTCCCCATAGCATACATTTCGTTTGCAAGGCAGTTCTTTGGTCGCTATTTTTTAATATTCAGAAAATAGAATAGTTGTAAGCACCACACATCGCATGCTTCGATTTCCGGTCACGCGAGGCTGCATGCACAACACATGTTTGTGCAACTGCAGCCCTTGAAAAAAGGTTGCTTTGGCTGTAGTGCGGCACCGCTTATAGATTCGTGACTGCCATGGTGCAGGCTACACCGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATTATATATATATATATACACACATGCACACATACAATGCAGGTACAAACATATAGTATGGATGGAACTTTCTTGATAAAAATTTTGGCTGTGATTGCTAAAGCTCATCAACTGAAACTTTTGTATGAATATTTCAAAAAGAATGTGGGAGCATGTCACATTCTTTCACAAATCAGAAGCTCATTATATTATTCTATATTTTTCATTTCTTACTTTAGGCCCTCTAATATTGGGTGAGCATTAGATTTGGGGTT 1 0 3' arm Rhipicephalus_microplus mirnest 100 100 -27.9 .........((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))))))........ (-27.9)