mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCATTGTTGTTGCTTTATT GGAAGGGACACAGGTGCACAA ACAACTTGAATCGCATGATATCGAACAGGGCAAGGAAGGGACACAGGTGCACAATACAGCACTGCCCCGTGCATTGTTGTTGCTTTATTGACCTGTTTGATTTCACGCCAACCAGTTTG AGAGATGCCACTGACAGACCTGAATCGCCGCCAGTCTCTCCGAGCGACCAAAGTTCTGAAGAGTCGGGCTCGGACGTGCCATCGCCGAAAAGCGACGACGCGCAAGACCTGTACGCGTACGTGAGCGGCTCGGACTTCGACGTCTCCATACACAAGTACGAGGAAGAAAGACTCAACAGCGTCAGGGTAATCACTTGGCTCTGCCCACCCGTTCATGTGCAGTCTGTTATGATGTACCGCCAAACTCTTATCACTGCTCATATGATCTGTTACACGATATGTCACTGTTAATACTATTGCCTACAGATTAACAAAAATATGTTGGTGGGCTAGACGGTCAATAATATTATAATAGTACAACTTGAATCGCATGATATCGAACAGGGCAAGGAAGGGACACAGGTGCACAATACAGCACTGCCCCGTGCATTGTTGTTGCTTTATTGACCTGTTTGATTTCACGCCAACCAGTTTGTAAGATTGCTTACAAAGTTTACTTTGTATTAACTATTTATGGCTACAACTGGCCCTTGCACAGTAAAACAACACGTCATCATCATGCTGTGCTCAAAGTGATGTTTGCGTGTGGAATTGCTCCTATTCATCCAGAGCAAATTTATTTTGAGGTCGGCATTAATGAGCACGGTTACATGGTCCTAGTGTGATCACCTTGAAAGCTGCAAAGCATATGAGATTTTGCTGTTGAATACCAGAGTATGCATTGGCTCTTTTCTACTGCATGCATTCATAGCTGTAGCATCAGGATTTTAACTTCGTGTTATGTTAACCATTGCAGCAGTTTTAAAAATTTGCCCATAAAGTTCAAGAAGGATTACAGAACAAACATAACTCTGTAAATGTGCAGGGGCTGCGATGGGGGTGAAAATGCCTGTGTGCTTAGATTTAGA 4 0 3' arm Rhipicephalus_microplus mirnest 100 100 -36.5 .(((.(((....((.(((.((((((((((.(((.((((.((((..(((((((................)))))))..)))).)))).))).)))))))))).))).))....))).))) (-36.5)