mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAATTTTGGTTCAGTTTTC AAATGGGCTTGACTTGACT TTGGTATGAAAATGGGCTTGACTTGACTTGTCAGGGGCAGGGTAAAATTTTGGTTCAGTTTTCAATTTA CGGGGGAATTAAAAACTTTATATTTTATAAAGAAAAAAAAATGGGTGTGAAGTCTTAAATTTCAAATTACTACATTGATTTCAAGGTTATTATAAACACGCACACAAAAGCTGGAATTAAACTAACAAATAGTCGATTCTTCGCGATCTTTGTACACATTTTCTTTTATTCTTGGATTTTAATGTGTGAGATTAATGTGGCCATGATTTGATTCGATTGTTTATGTTTGATGATATTTTTTTGAGTGCATAGAAGTGTGATGTTTTGAAATTCTAAATTTTGAGAACGGGGTATTGTGAAATGTAAACATGAATTTGACAAGGTTTTCTCCTTTTTTGATGAGCTGAGATTAGTGATTTTATTTTAGGAAAATTACTAATAATGAATCCTTTTCAAATTTACATCAAAATGATTGATCTCTAATTTATTTAATGGAGGAATTCATTGATTCAAATAGTTCAGGTTAGTTCAAAAATTTAAATTTGTAACTTTTATACCCATTCATTCAAACAAGTCTTAAACAAATGGTAAATTTTAAAACAGTGAATATTTTGGTTTTTAAAGGAAGTTTTTCATTTAAATCAATTTAAATATCTAAGCCTGTTAAAGTTCAATGAAGGGGGACGTTTTGGAGTTTTTGGTATGAAAATGGGCTTGACTTGACTTGTCAGGGGCAGGGTAAAATTTTGGTTCAGTTTTCAATTTATT 4 2 3' arm Brachionus_plicatilis mirnest 100 100 -15.2 ......((((((((((((.((.((..((((((...))))))...)).))..)))))).))))))..... (-15.2)