mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGATGTTTTTAGAATTATCT ATAATCTAAAACATATTTA CGAATTTATAAGATAATCTAAAACATATTTACTCAGATGTTTTTAGAATTATCTAAATATTAA GCAAGCTCTACTAAGCTGTAGCAGATACTTCACGATTTTCAATGAGCCACTTGTCAAGTTTCGATTTGAAACAGTTCAAACTTCTTGCTTCGACCACATCCAACGGCAGACTGTTCCAAACGTTCACAACCCTATTAACAAAAAAGTTAAATCTTGGTAAACAATTCCTAACTTGCTCTCGATGCATTGATTTTCTGTGCCTAGTTATTAATCATTTGATGACTCTTGTAATAAAAAACATGATAAAGATGAAGCTAGGCTAGAAATCCTCATTTTAGGATATCGAATTTATAAGATAATCTAAAACATATTTACTCAGATGTTTTTAGAATTATCTAAATATTAATAAAAAATTTTTGAATAAAACTTATGGCGTACAAAACATATAGGTCATATCAAAAATTCTAATAAATTTATGGATTAAATTAAATTGCTGTTAAAATAAATTTTTTTTAATGCTAAAATAAACAGAGTTGAAAAATGACTAGTTTTTCAATATGTTGTGGAATATTTTTGAACGCAGCATCCAATTTTTAAATCGGATAGTCATTCTCATCATTCTATTTATCATANAAGACAAAAGTTTTATAATCTTTTTTTTTTTATTAAAGACTTAAATGGTTTAAGACAAAAGTCAATCTTTTGGCAA 3 2 3' arm Brachionus_plicatilis mirnest 100 100 -10.1 ..........((((((((((((((((..........))).)))))).)))))))......... (-10.1)