mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTCTTTTT ACAGAAAATTTAAAATGAAAA TTATTGATATTTTTGTTTTGTTTTTTCTTTTTTAACACAATTTGATTACTAAATAATAAATTAAAGAAAATAAAGGGTAAAATTAAGTCAAATATTGTTTGCATATAAAAAAATAAATGGCATTTAGACAGAAAATTTAAAATGAAAACTTTGGCA TTTTTTTTTACTGATTAAATTTTATTTAAATTTTAGTAATTCCATATAAAAAAAAAAGCTTAAAATCTTTGAAAAAATTATTGATATTTTTGTTTTGTTTTTTCTTTTTTAACACAATTTGATTACTAAATAATAAATTAAAGAAAATAAAGGGTAAAATTAAGTCAAATATTGTTTGCATATAAAAAAATAAATGGCATTTAGACAGAAAATTTAAAATGAAAACTTTGGCATGGCTGAGTCGCCACCAGTGGCTGTTGTTTCAGTGGCAGTGAAATTGTACTGTTCGGTGGTCATCTCTGGCTGAAGTCCCTCTTGTTCTTCGCCCTCATCGCTGAAAAACTTCTCGACCATATGGTAGGCCAGCTTGTACACATCCTCATTCTCATTTTCCTGCAGCTTTTCTATTTTGGTCAAGCCGTCTATTTCTTCAATGTAAATTCTAGCCTGTTCCAATTGACCAACTTTTTCAGCTACCAGCAAAATATTGCACAAACCGTCCAGCAGGACCTTGATGAGCTTGGGATCCTTGGCAGTCATCAAATCGCACATGGGCTTAATAACTTGACACTGAACCAAGTACAAGACCTGCTCAGTGCTCGCACCAGAAGTGAAATTAGTGATCGCCCACGCAGCTTCCTTCTGAACTCTGAGCTCACCCACTGTCAACACATGGACCAACAGCGGCACCAATTCAGCCTGGATTACCGCCTGGATCTGAGTCTGGGTGCCTGCGGTAATGTTCGACAAAGTCCAAGCAGCCTCCTTCTGAACGCCGATCTTGTTGTGGGTCAACAAAGCGTGAAATATGGGCAAAGCATT 3 0 5' arm Brachionus_plicatilis mirnest 100 100 -17.6 .........(((((((((((..((((((.(((.((((..(((((((((((.........................)))).......)))))))..))))(((.................)))...))).))))))..)))))))))))........ (-17.6)