mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGGGCAACAGAGCGAGACTC GGATTGCTTAAGCCCAGGA TGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGCCAGGCATGGTAGTGCACAACTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGAGAGGAGGATTGCTTAAGCCCAGGATTTCAAGG TGCAGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGAAGGCTGAGGTGGGCGGATCACGAAGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGTTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGCGTGCCTATAATCCCAGCTACTTAAGAGTCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTCCAGTGAGCCAAGATTGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGCCAGGCATGGTAGTGCACAACTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGAGAGGAGGATTGCTTAAGCCCAGGATTTCAAGGCTACAGTGAGCTATGATCAAGCTACTGTAGTCCAGCCTGGACCAGTAGAGCAAAATCCTGTCAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAAACATGTTGTCAAAGAATAACACAGAACGCAGAGGTATTTCGGTGGTTCTTTTCCACGCTGTTCAGTTATTTGCTTACTGTTCAGTTATCTGCAAATTGCTCACTCACATGTGAGGGAGTCAGTGGGTAGACTGAGTCAAGTACCAAAGGCAAAATCAAGATTTAGAATAGCGGGCAAGGGAGGAAAGTTACAGGGCGTGTGGGAACAGTGACAGTGACTCTTGTCTGTAGGCTTTGG 4 2 5' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 2e-16 ssc-mir-1285 0.000007 -34.4 ..........(((((((....((((((..((((.(((((......................((.((((..((.((.(((((.....))))).)).)).)))).)).......)))))..))))..))))))..)))))))......... (-34.4)