mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGAGAAGGGGTCTTGCTC GCAAAACTCCATCTCAAAAAA TGACAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGTGTTTGAATAACAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAGGGGTCTTGCTCTGTCACCCA TGACAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGTGTTTGAATAACAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAGGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGGGCGCATTGGGGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTTGTGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGAACTACAGGCGCCTGCCACCACCCCTGGTTAATTTTTTTAATATTTTTAGAAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTCGCGAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCGAATAACAAGCTTTTATGTATTTAAATCTTTATTCACAAATTCAATTATTTCCTTTTGAAAAATCCTCAGAGGAGAAATTGCTAAGTAGGTGGATCTGTATATTTTTTGAACCCTTGGTTGGTATTTTCAAATTGCCTCCAGAAAGGTCTGGCCATTTTCCACTCTACCAGGAATATCTGTTTTTCTACCCTGA 2 0 3' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 0.0003 100 -50.3 (((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....))))).))))))))))))))))))))).))))).))))))))))).... (-50.3)