mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCGACAGAGCAAGACTCGG GAGATCATGCCACTGTACTCCAG TTGCAGTGAGTTGAGATCATGCCACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCGGTCTCAAAAA CCTTAACATAAATAACTTCTCTCTCTCTCTCGCTGAACAAAGAATCTGAGATGACTTATAAAGCCATATTATTACAGATGTGTGTTCAAGTGGTTTATATAAACATATATGTCAATAGACCTGGAAAATGCTAAGTCATAAAAACTATACTAGGCAAAAGTCGTTTTTTTAACCTTATTTTTGTTTTAATAGAAATGCACATCTTTTTTCCTTCTCCTCAAATGTCATATTTTACCTCCAACCACTACCTGTGTTTTGAAATACAATGTTTGGCCATCGGGTAAATTTCTTCTTTTAAAAAGCATCGGCCGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGATGCTGAGACGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAATTTGAGATCAGCCTGGCCAACACGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATCACTCAGGTGTGGTGGTGTGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGTCTGAGGCAGGACAATCGCTTGAACTCGGGAGGTGGATGTTGCAGTGAGTTGAGATCATGCCACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCGGTCTCAAAAAAAATTATCACAAGTTTTGGATAACTTGTGAATAAAAATTAGGATTTTTATTCATAATAATTTATATCTATTAAAATAAGAGTTTTTGTTATTCTAAATTAATACTCTCAGAATGAC 4 2 3' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 2.0E-20 ppy-mir-1273 3.0E-12 -19.5 ......(((((((((.((.(((..((((..((((...))))..)))).))).))))))).)))).... (-19.5)