mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCGACACAGCAAGACTCCA GAGCTTGCAGTGAGCCCAC ACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCCACATGGGGCCACTGCCTGGCAGCCTGGGCGACACAGCAAGACTCCATCTCATCTA ATACATAATTAGACTGTGCTCAGATTCAAGTATGATTAATGGAAGATGGAATTCATGGAATTGGTAATTTCGAACAGGTTTTTGAAAATGCTGTGGGAAGAAATTATTAAGAGTTTGTTTCCACTCTCTTAACTGACCAATAGTCATTTATGGATTATGGCTTAGGACACTTTTTTCAGTGTGTTGTATTTATTTTTCAAAAAAATAATGCTGTATGATTTTTATGGTGGAATTATTAGCAAGATTGGATAGATTAGAATTTATTTTAAAATATAATCTCTTTGGAGTCCGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGTTGAAACCGCATCTCTACTAAAAGATACAAAAAAAATTANCCCGGATGTGGTGGTGGTCGCCTGTAGTCCCAACTACTCGGGAGGCTGAAGCAAGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCCACATGGGGCCACTGCCTGGCAGCCTGGGCGACACAGCAAGACTCCATCTCATCTATATATATAATCTCTATCTTAGAAAA 2 2 3' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 1.0E-12 ptr-mir-1273 1.0E-9 -39.6 ......((((((((((((((.(((.(((((...((.((((.....))))..)))))))..))).))))).)))))))))..... (-39.6)