mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCAGATTTTGGTACACCTC GGTTAATCAAGATTTCAATAT CCCGAGTATTCTGGTTAATCAAGATTTCAATATCTGGGTTGCTCGAGGGACTCGTGCAATCAGACTTCAGTTCTCATGCCGACAGAGTGTCTTTCAATTGGTTTGTTTGATTGAAGTTTTTTGGTGGCCTATATGCATGTTTATTCAGATTTTGGTACACCTCTGCCGTCTT GGCCATTACGGCCGGGGGGTAGAAAATTCATCTGTGCCCACTGCTCTCCAAAGCGTGAGGCAAGGAATGGGAGTGTAAAGTTCTGTTAATAGCAGTAAAATGAAGATATTTGTGTTTGTGTATAACCTTCCCCTCAGCTAATTTGAAAGCCTACAAAATAAGGATTCCCATTCCCCGAGTATTCTGGTTAATCAAGATTTCAATATCTGGGTTGCTCGAGGGACTCGTGCAATCAGACTTCAGTTCTCATGCCGACAGAGTGTCTTTCAATTGGTTTGTTTGATTGAAGTTTTTTGGTGGCCTATATGCATGTTTATTCAGATTTTGGTACACCTCTGCCGTCTTCTTTGGCTGAATATTCTGCACCCACAGACCACGCTGCCAGCCTCTATCTTAATAGCTGCTTCTGTGGATATGGCTGGGGAGCGAAGTAAAACCCTCTTTTGATTAGCACCCACCATGGGCTCAGCGACTAAGTGGTTGGAATGACAGTGGACTGCACGTTTGGTGCATCGTGACCATCTGGAAACA 5 0 3' arm Pongo_abelii mirnest 100 100 -39.4 ...(((...(((.........))).)))........((((((.((((...)))).)))))).((((((((((..((.(((((..(((.....)))..))))).))...))))))))))....(((((((.((.((.((....)).)).))...))).))))........... (-39.4)