mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGAGACAGGGTTTTGCCA GCTAAACCTTTCTTTTTTAAT TTGTATTTTTTTGTAGAGACAGGGTTTTGCCACATTGCACAGGCTGGTTTCAAACACCAAATCTGCCTGGTTGGTCTCCCAAAGTGGTGGGATTACAGACATGAGCCACCGCGCCTGGCTAAACCTTTCTTTTTTAATATCAAGT TCACAGCTCACTGCAGCCTTGATCTCCTTGGGCTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGTCTACAAGTGTGGACCACGATACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTTGTAGAGACAGGGTTTTGCCACATTGCACAGGCTGGTTTCAAACACCAAATCTGCCTGGTTGGTCTCCCAAAGTGGTGGGATTACAGACATGAGCCACCGCGCCTGGCTAAACCTTTCTTTTTTAATATCAAGTGTTTCAAACATTTGATATTTGACAAACTTCCCAAAATTAATTCTAACATGTCCTTTTGAACTCAAGTTAACTTTTAGATATTCCAAAAAAAAAAGCCCCTGGAAGTCCAACAGAGACATGTTAGTCTTATTTGGTACGTAAAAGTCATACAGGAAGTATTGTTAATAAGAAATAGTGTTTAACAATCTTTGAGTTATAGTTGTATAAATGTGTTAATATGTGTTCCAAAATTGTGTTAGAGTCCAAAAATTTTGATATGTCTTGTTATATGTTATCAGTCATAGTTATGATTATCC 2 2 5' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 1.0E-10 ppy-mir-619 1.0E-7 -37.4 ..........(((.(((((.(((((((.((((....((.(((((.(((((........))))).))))).((((....)))).(((((((..(((......))).))))))))).)))).))))))))))))..)))........ (-37.4)