mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCGCTGCGGCCTCCACCTC TGGAGTGCTGTGGTGCGGTCT TTTTTGGGACAGTCTCTCTCTGCTGCTCAGGCTGGAGTGCTGTGGTGCGGTCTTGGCTCGCTGCGGCCTCCACCTCTTGGGTTCGGGTGATTCTCCTGCCTTGGC GATGGGCAAGGAGAAAAGGGGCTTTTTAAATAAGAGTCAGTCTCCTGTGCAAGAGCAGGGAGCTTTCAGAGTATGTACCTACCTTATACAACAAGTATTTTACCTGGGTACCTACTATGTGCCACACAGTGTGGATGAAATATGTTTGGAAAAGTGTGAGAAGCATGTTATTGGCCAGAGCATGTTGGAGGAGAAAGATAAAAGATGGGCCTGGAGGTTGACAGGGACAATTTCAAATGTCACTTTAATAGTGTCATTCCCAGTTTTATTCTTCTTTTCAAAGTAAATGAATTTTTTTTTTGGGACAGTCTCTCTCTGCTGCTCAGGCTGGAGTGCTGTGGTGCGGTCTTGGCTCGCTGCGGCCTCCACCTCTTGGGTTCGGGTGATTCTCCTGCCTTGGCCTCCCGTGTACCTGGGATTGCGGGTGTGCGCCGCCGCACCCGGCTAATTTTTTTTTTTGTATTTTTGGTGGGGACGCGGTTTTGCTGTGTTGGCCGGGCTGGTCTGGAACTCCAGCCCTCCAGTTATCCACCCGCCTCGGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATCACGCCCGGCCTCAAAGTAAATGAATATTTTCTTATTTTTGGTCTAGCTTAATGGTGATGAAATAAAAGGTAGTCAGA 3 2 3' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 0.000000000002 ppy-mir-1273 0.00002 -39.8 .....((((.((((....((((..(((((((.(((((.(((((((((.(((....)))))))))))))))))...))))))).)))).)))).))))((....)) (-39.8)