mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTCTGTTGCCCAGGCTGG AGCCTGGGCAACATAGCAAGA GCAACTGTGAATAGCCACTGTACCCCCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACTTTTCTTTTTTTTTTTGGAGGCAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGAAGTGGCGAGATCTTAGTTC GAAAAAGTAGCACATACACATTTGTAGTGTTATGTGTTAGTACAAGTGTTTCAGTGACCACAGAAAACAATCAGTAGTGTAAGTTAGCCTAATGCCCATTTGTCTTGCTACAGTGAAATTGTTCTAATTTAATGAAAGCGCCATCTGAATTAGTGAAAAACTGTAGTTATTTACTAATTGTAATTAATAATATTGTCCCAATGAGGTCCTTGGGCATCCTGATTGAATAACGTGTAAGGGCTTGTAATTAATATTTACTTGTACGTGAGTGATTCTAAACTGCTGAAAGAAATGTTTTGAACAAATTTTTTCACACTTAATTTTCTTCTCTGAAGAAGGGGATTATTAAAAGTAGAGGAAAGCTGCATGCGGTGGTGTGAGCCTTCAGTCTGATACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTTAGTTCAGGAGTACAAGGCTGCAGGTGTACCATGATTGCAACTGTGAATAGCCACTGTACCCCCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACTTTTCTTTTTTTTTTTGGAGGCAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGAAGTGGCGAGATCTTAGTTCACTGCAACCTCCGCCCCGCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCGAGTAGCTAGGATTACACCCAGTTAAT 3 0 3' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 0.0000000000005 ssc-mir-1285 0.000000002 -55.4 ..(((((.((...((((((.(((..(((((((((((((((.((..(((((((.(((((.......))))).)))))))..)).))))))))))))))).))).))))))....)).))))). (-55.4)