mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGGCGTGGTGGTGGGCACCT GTGGCTGACACCTACGATCCGAG GGATAATATTCGGCTGGGGGTGGTGGCTGACACCTACGATCCGAGCACTTTGGGGGGCCAAGGCAGGGGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACACAGTGAAACTCCATCTCTGCTAAAAATACAAAACAAATCAGCCGGGCGTGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGG CATGGTGGCACACACCTGTAGTCCCACCTACTCAGGAGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGACTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATCATGTAAAATCTCAATGTATTCACCACAAATAGTTCCAATAAAGTATGGATCTAGTAGTAATGCTTTTAGAGTTACATAAAGACAACAGCTTACTTTACAGGGAATATAGCAAGATAGTTAAATCCCTGGGCCCTAGAACCAAACTTCCTAATCTTCAAATTCCTAAACTTCAAGTCTTGACTCTGCTGCTCACTACTCCCAAGTATGTTCCTTAACCTCAGCATACTTGAATTTTTTTCATCTGTAACATAGGATAATATTCGGCTGGGGGTGGTGGCTGACACCTACGATCCGAGCACTTTGGGGGGCCAAGGCAGGGGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACACAGTGAAACTCCATCTCTGCTAAAAATACAAAACAAATCAGCCGGGCGTGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGACTGAGGCAGGAGAACTGCTTGAACTGGGAGGTGGAGGTTGCAATGAGTCGACTTCGTGCCACTGCACCCCAGTCTGGGAGACACAGCAACTGTCTCAAAAATAATAATAATAATAATAATATTCCTGGCACCAACCTATCCCATATAGGACTGCTGTGAAGATTAAATGAGTTAATACCTTAAAGTGCTTAAAATAATGCCTAACACTGGTGGGG 3 2 3' arm Pongo_abelii mirnest Metazoa_SRP 4e-30 ppy-mir-1268 0.0000000000007 -57.1 ...........((((((((..((((.(((.((((.(((.((((.((..((((.........((((((((((((((..(((((((.(((...)))...)))))))......))))...)))..)))))))............))))...))))))))))))).))).)))).....))))))))....... (-57.1)