mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTTGTTTTGTTTTG AAACAAAGTGCATCGCAGTGCTG TCTCTCTATATGAAACAAAGTGCATCGCAGTGCTGCAAGCTGATGGTCATCACTTCTCATTACTGCACCCTTTCTTCATCTCATCTGGGAGCTGTGTGCAGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTG AATGTCATTGTCTCTCTATATGAAACAAAGTGCATCGCAGTGCTGCAAGCTGATGGTCATCACTTCTCATTACTGCACCCTTTCTTCATCTCATCTGGGAGCTGTGTGCAGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGACACCCAGGCTGGAGTGCAGTAGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGTCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTGGTAGCTGGGATTATGGGTGTGCACCACCACACCCAGTTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTCAAATTCCTGACCTCATGATCCGCCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCTGCTGAGCAGTTTTTTTAACTGTTACCAGTATTCAGGGATGGTTGTATTCTGTTGGAGGAATAAGTCAGCTACTGGAATTTGGGGT 3 2 3' arm Pongo_abelii mirnest 100 100 -25.9 .........((((((((((..(((..((((.((((((.((.(((((..........)))))...((.(((................))).)).)).)))))).))))..)))))))))))))........ (-25.9)