mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTTTTGTTTTGTGTTTTTG AAAACAAAATTTCACGACATCT AGAGAGTGACCAAAAACAAAATTTCACGACATCTGCCAACAGGGGTCTTCTTTTTTGTTCTCTCAATATCTTTAGAGTGAAATTGAAATGAGGTTCGTCATAACCAAAATCCATCTTGATTAAGGATTGCTGCCTACATGGCTGCCATGTTTCAATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTTGGGTGATCTC GTCTTTGCAAAATTTTAAGTCAAAATGTGGACAAGCAATCTATTTTGACATCATGCTTTCATCTTTATATTGAGTGGCAAGGAGTTTGTATTTTAAAAATTCAACTGACAACTTTCAGTCACTTGTTTCATAAAAAGACCAACATGTAATATTAATGAGATGTGTTTATATTAATGAGATGCATTTGTATAAGATATAATAATCATTATATATATATTGCGCTGACAGGGTCCAAAATTGTGCCTTCCTGGTTACCAACGCAACTAACAAATTATTGACAGCTAGTGACCAGGACTTCACACATGGTCACCAACATGTGACTAACGTTGCCACCGCTAATGACAAAGAGAGAGTGACCAAAAACAAAATTTCACGACATCTGCCAACAGGGGTCTTCTTTTTTGTTCTCTCAATATCTTTAGAGTGAAATTGAAATGAGGTTCGTCATAACCAAAATCCATCTTGATTAAGGATTGCTGCCTACATGGCTGCCATGTTTCAATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTTGGGTGATCTCTCCTGGATTGCAAAATACCGGCCCACAACATCATGTGCTTTCTTTTCACCGTGAATATTGATTCTGGCAAAGTGTCCCGGCAAGACAAAGTCATAGCAACT 5 1 3' arm Acropora_palmata mirnest 100 100 -42 .((((....(((((((((.((...((.((((...((.((((((((......))))))))((((.((....)).)))).((((((((((((.((((......))))..(((((...........)))))((.(((.....))).))..))))))))))))))..)))).))..)).)))))))))....)))) (-42)