mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTTTTACTTATTCTGGTTG ACCAGCTGTATGTAGGGTACT CTTTTGAATGGTGCTTTTACTTATTCTGGTTGCTTAACTATTATAATGATGTAACATCAAGCAATATATTTGTTACTGACCAGCTGTATGTAGGGTACTAATTTTTA GAGCTTTTGTTTCCATTTTATTTTCTAGTTATGCACATTGATTATAACTACATAACACACTTTTGAATGGTGCTTTTACTTATTCTGGTTGCTTAACTATTATAATGATGTAACATCAAGCAATATATTTGTTACTGACCAGCTGTATGTAGGGTACTAATTTTTATGGTATTAAATTTCGTTCTTAACATATTCTACTCGAGTGATAGGTAAAAATATTTGTTTAATGCAGTGTGGAAGAAAGACGTGGTGTATGAGATGTTTGCCTGAGCCATGGAGGTTCAGGAAATGTCTAGCAACATTCACCTCAACTTTGATGAAAATTTCAATTTGCTAAATTGTCATAAAATTTAGGCTTATTTCATTGTTATATTATTTTCTAATATATTATTTAGCCAACTAAAGCAAGTAAATTATATCCTCTTACATTTGTGTCTGCATCTCTCAAACATGATGAAATATACTCCTGGGTAATAATGTTACTTATGAAAATCTACCCCTGTTTTAAACTGATTAATGTACTTTTGTTTGAGTACACTTATCTGAACAAGTTTGTCAGGATATTTAAACCAGAACTATAATTTTTCTTATAATTTACCATAACCAGAAAAAAAAAAACGAACAAGCACCTTGAATGCCATCATCTCTTCTGACATCAAAAAACAGTAACAATTTCTAATGAACAATAGTCTATGAATTAGTTGCAAATATGAGCTATGATTCTGTGGGAAGGTAACTAATCTGATCTTGGACC 2 2 5' arm Acropora_palmata mirnest 100 100 -21.1 .....((.(((((((((.((.(((.(((((((..((((...((((.(((((...))))).....))))...)))).)))))))..))).))))))))))).)).... (-21.1)