mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCTCCCGGCTTCATTGA ATTGAAGATCGGGAGGAGTTCT CTTGCTGATGTACTCTTATTAAATGGTCCAGGATAAAATTGATTGTGTCTTTATTTGGTTGCGGCAGCTCATTGAAGATCGGGAGGAGTTCTTTACTCCTCCCGGCTTCATTGAAATTGCTGTACTTATTGTAAGTTTCAAACAATTTGGGGTAGTACTGATCGGAAAAGAGTGCCTCTGG TATTTATTTATATATAAAATGTATACAAGAGACGTAAAAATCATAAAAAAATATACTTGAATGTGATTGTTACGTTGGAAACTCTGGGATTAAAAGTGCCCAAAAATCGCGGGATTTTGCTTCTTTTACCTGGCGCAAGAAAACCCTCTTCATCACTTCAAGCGAGCCTGCAAGAAACTATAAAGGATCCCAGCTTGAGCCATTACTCCCACCGTACTCCTCTCCAGGCCATCTTTCTGCTTTCCTGTCACTGGTCCAGGGCGCAGGAGGGTGGGACCAAATACCATCGCCAAGTTGTGCAAAAACTTTTTGTTCCCCCCCTCTTGCTGATGTACTCTTATTAAATGGTCCAGGATAAAATTGATTGTGTCTTTATTTGGTTGCGGCAGCTCATTGAAGATCGGGAGGAGTTCTTTACTCCTCCCGGCTTCATTGAAATTGCTGTACTTATTGTAAGTTTCAAACAATTTGGGGTAGTACTGATCGGAAAAGAGTGCCTCTGGCA 2 1 3' arm Phlebotomus_papatasi mirnest 100 100 -58.6 ......((.((((((((.((...(((((.((.((.((((((.(((...(((....(((.((((((((.(((.(((((.(((((((((((.....)))))))))))))))).)))..)))))))).)))....)))...))).))))))...))....))))))).)))))))))).))... (-58.6)