mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGGAACGGTCGTTGTCATT TGGAACGACTTTTCACCTTTT TATCGTACTCAGTGGAACGACTTTTCACCTTTTAAATCTCCAAAGATATGCATTTCATTTTGAAAGCTGTTTAAAAAGGAACGGTCGTTGTCATTGGTCAATTC TCGAGCAAGCTCAGACCATGGTTAACAATCCGGTATTGAGAACTGTCATCACTGGCAATGAATTAATAAATTCGACGAGAATGAGCTACAATCCTGGCGAATGCAAACAATCTTAGCGATAGGGTATGCGACCTTATCAGTCAACAAAACTTCACGAGAACCGTTTGAAAAGGAACAGTCGTTGTCATTGGTCAACCCAAACCGACAACCTCAAATAAACTTTCAAACCCCACCCAGATAAGGCACACGTGCGTGTAAAATACATATACAATAACACGAAAATTAATCTTCATCAATGGTCTTGTTATATTCACGGATATGTACATTTATATCATGTGGTAATTTTATCGTATATACATGTGTTAATTCTATTAAAAATGTCTGTTATAGGACAAAGGTGCTTCATCTGGCATCCATAAACTCGCCTTTAAAAATTATATGCGTAACACTTGTGTACATTCATTTTGAGTTCAGCAGCATCATTATGTGAATGCTTTATTCTTATCTTGTCTGCACCCATAGTCTCTATTTGAACCGATCCTGAAATCAGATTTTTCAATAATGATACGCCTGAACGTTTTCTAAATCTTGTATCGTACTCAGTGGAACGACTTTTCACCTTTTAAATCTCCAAAGATATGCATTTCATTTTGAAAGCTGTTTAAAAAGGAACGGTCGTTGTCATTGGTCAATTCAAACCTGACAGTCAACCTCAAATAGTCTTTCANACCCGTCCAACATGTGTTAATTTTATTAAATATCTGTCCGTCATAGGACAACAAGTCGTTATTTTTTGCGCGAGTAAATCTGGAATCCAAAGCCTCCTTTAAAATATTCTAACCGTAACATCCGCGTACATGCATTTTGATTTCAGCCATTTATCTGTCTGCGGTAAACAAATATAAAGTTGATTCATAGGAACACAGTGGTTGCAGTCCTCGATGGTACTTCTAAGTCACAGATTTCAGGGAAGGGCTAAAACCCGAGTAGGTGGACTCGATAGCGTCGGGGGATATATTCCCG 3 2 3' arm Mytilus_californianus mirnest 100 100 -21.3 ........((((((((((((((.(((...((((((((............((.(((((...))))))).))))))))..))).))))))).)))))))....... (-21.3)