mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTTGAATTAACTGTGATAA TTTTCACAGTCAAGTTAGACCAA TGCACTTTAATACGTTGTTTTTATTACACTTTGTTTGAATTAACTGTGATAAGCATATGTTAATTGGTCAGTGAATCCATACAGTAGGTGGCTGGTTAAAAAAAGTTAGAGAATGAAAATTGGTGTGGTGATTTTTTTCACAGTCAAGTTAGACCAAGTGTAATTTTAAAAGCAATAAGAATTTT TCGAGTAGTCGGACGTTACCCATTTCACGATTCTGATCCGAGCACACTATTTAGTAAAATCCGTAAAGGCCAGTACAGTATTCCTCCGATGTTGTCGGTGAAGGCTAAATGTCTTATAAAAAGTCTGTTGCGTCGAGATCCAGACGATAGACTGACTGCCGGAGATGCTCTCCAACACCCATGGATTAATGGGAAACAGTCACCTGGTTTTATGACAATCTTGGATCACAAACATAGTGACCAAACTGTTCCAAGCGTGGTATTTAATGGAGAAGAAGAAGAGTTCTTTCTCTGAACAATATTGTCGTTAGCATTCAGTTGAATTTCAAGCGCCAGTGTTATTTTGTTTATTTATTTGGAGTGACTTTTATTCAAGTATAGACATCTCTGTCGAAAAAAGACAGCTACGGGTAGAAATGATTATTAAGAACGAACTTTGAATGGTTGTTAACTGACATTCTGTCCATGTTTTAATGGCAGCTTTATAATCGAAGAAAAAAACTATATAAATTAATCTAATAGCAAAAGTTATTTTGACAGTGCAATGCTGGCATGCTGAGCACAGCCCTGCACTTTAATACGTTGTTTTTATTACACTTTGTTTGAATTAACTGTGATAAGCATATGTTAATTGGTCAGTGAATCCATACAGTAGGTGGCTGGTTAAAAAAAGTTAGAGAATGAAAATTGGTGTGGTGATTTTTTTCACAGTCAAGTTAGACCAAGTGTAATTTTAAAAGCAATAAGAATTTTCCAAAAAATTATGTGTTATGGAAAAGTATTTTTTTTTAAAAACATTTTTACGTGGCGAAGGGGGCCCTCTTTCGTAATCCTTTATCCCAAAAATCCATCCAATTCCCCTCGGTTTAAATGGTTTTTCAAAGGGTATGCCCCCCTCCCAAAGGGAAAAAATCTCCATTTTTAGGGGGTTTGTTCCCCATTGGAGGGGGAAGGGGGGGATTTTTTAAAATTTTGGGGGGTGGGCGGGGGGGTTTTTAAACCTTAAAAAAGGTTTTTTTTTTTTTTGAAAA 4 2 5' arm Mytilus_californianus mirnest 100 100 -38.1 .............((((((((((((((((((.((((((.((.(((((((.(((..((((((((((..(((...........((((.....))))...................))).))))))))))....)))...))))))).)).)))))).))))))))...))))))))))......... (-38.1)