mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGATTTTTCTATTCTGCAAG TGAATATAAAAAAATCATTT ATGTCAAACTAGTGATTTTTCTATTCTGCAAGAAAGAAATATAGCTTGGTCATTTCTAAGCTTGAATATAAAAAAATCATTTTCGTTCTG CCCCTCGAGGATAGGCCCTTATGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCAATGAAAATCTAGTCCCTCTTCATATATAACAAAATTTTAAAAAAATCAACAGACATTTTACAATTTCAGGAAAAGGGCATTATCAATTAAAAAAAAATCATCAGTTGATGAATTCTTATATAAAAAATAAAATAAGATAAAAGTGAATTCCCATTTATATTAACTAAGTACTTGATGTCTTTGGGAAAAAATGTTTTTTCTCAAGGAAACAGTATTATCATTTTCATGTACTGCACATGTTGTGGTTATAGGAAAAAATATCTCCAACTAGTATCGGTGGGATTATCCATATATATATACACACACACATACCTTTAAAGTTTACTCATTTTGCAATATTATTGAACAGTGGTTCATTTGGTAAAATATATCAAAATCAAATCAACAATACATAAAAATTATTTGCCCTAATCAAAGTTATTTATATGTTGACATTTTTCAGATTTTTTCAGGATTTTTTTTAAAGATTTCTAAATTATCACAAAAAATTCTCAATCATGGTTATCAACAAGCATCATTACATATTAATTTGTTGCAAACTGGATTCCAAAAACTTGAATTGTTGGACAAAAGGTTACTAGATCAAAGGACAAAATGTCAAACTAGTGATTTTTCTATTCTGCAAGAAAGAAATATAGCTTGGTCATTTCTAAGCTTGAATATAAAAAAATCATTTTCGTTCTGATCCAAGTGAAAAACTGTCAACATATAATTCAAACAAAAATTACAAAGTTATTCCCTGTTCTATAAATAGATCTAACTATGGGTACACTATTTATATGTTTTGTATCAAATATTTTAAGCACTATCATAAAAAACTTGTGTCAAATGACAAATAAAAAACATATACTAAAAGTATTTGGGTTTGTTTGGCCTCACTTCAGACCTCTGCCAGCCTTTTTTGTTTTGTTTGGCCTCACTTTAGAACCTCTGCCCAGTCTTTTTTCGTTTGTTTTGGGCCTCACTTTCAAAACCTCTGGCCAGTCTTTTTTCGTAATTGA 4 1 5' arm Mytilus_californianus mirnest 100 100 -15.9 ......(((.((((((((((.(((....((((..((((((((......)).))))))...))))...))).))))))))))...)))... (-15.9)