mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGATACATTCAGGATACGTCT AATGCTCTTAATGATCCTT CCAAGTAATATTTTTAATTTGGAATGCTCTTAATGATCCTTTGTTTGGATACATTCAGGATACGTCTAAATTGGAAATATTTAGAA CGCGTATTCAATGACTACCCTGGCCTCGTCTATGATGCACGCCATCTTTAACTTCTATTATGTGAAAATATTCCTCCATCTTTATCGGATATCTGAGACTTGGTTTAATGTTGCCCAAGTAATATTTTTAATTTGGAATGCTCTTAATGATCCTTTGTTTGGATACATTCAGGATACGTCTAAATTGGAAATATTTAGAAACAGACAGAAAGCTATTCTTTATGGTGCTCCCTTTTATGCTTTAAGTTTTCTGTTGCCATGGTTTCCTTGGGTCCCCTGGGCAGCAGTGGGTACAAATGATTGGCTAGTTGGCATCCATCTGGTTGTATCTCTTTTCTTTTATGATGCTGTTTTTACATTTGTCTTGTTAGCACATGGCGCACTCTTTGCTGAATTCTCCAAGAATATTGAGGATAGACATGTTGTAATGCGATACAGCCAAGTGGCTTCCATGTTGAGTCCTCTTGGGCTGTTTATATGTGTTCTTGTTTTCCATCATGAGCAAGAAAACTTTGTGTACTTCCAAACAGTCTGTGTTGTAGTGGCTGTAATCAGCTGGCTGTTAATATCCTACACAGGAAGAAACATCCAGATAATTGAGGATGGTAATAAGCACTTTGACCAAGAAACGAAGTGTTCATCAAATGCCATACCTCCATGGACTCTACTCAAACAAC 3 2 3' arm Anemonia_viridis mirnest 100 100 -21.2 ......(((((((((((((((((.((.(((.((((((((.......)))).)))).))).))..)))))))))))))))))..... (-21.2)