mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTGCACTATTTTGCATTTC AATGGGAGTGGTGCCATGTA GCTGTCAGTAATATTGCACTATTTTGCATTTCTTTTTCTGGGACTTATTTTCACGACTCCTTTATTTAATGGGAGTGGTGCCATGTAAGCTGAGT CTGCTTTGCACAACAGCGATTTTGTATAATAAATTAGTCTTGAATTTATGTCATCTCATTTGCATTTTGATATTGCAATTGTCTATATTTATCTGGATTGAGAGGTTCACATCCAAAAAAACTAAAATCATCCTACTTTATAGTAATCATATATATGTTGAATGATCTTCAAAATAAATTTTTTGCCTTGATATACACTAAAGAAAATTCATAAAGATTTTGAAAATTGAGGTGATAGCTAGGCCCGGCCTGGGGTCTGCTTTACAGAGGCAAAGCTGTCAGTAATATTGCACTATTTTGCATTTCTTTTTCTGGGACTTATTTTCACGACTCCTTTATTTAATGGGAGTGGTGCCATGTAAGCTGAGTGCAAACCTTTTCTGAACTATTCTTTGTTTAAGAAAATGCTCAGAAACATGTCTACTAACTGTAATTTGCTGTACATGTAACTGGATGTTCTAAATTTGATCTACACATGTACAGGGTGTGAGTGCTTGATTGACTTAGAACTCTAATTGTTGTATCATAAAGTTTATAATATTCAATGATGATTTAAATCTGTCA 3 1 5' arm Anemonia_viridis mirnest 100 100 -21.6 ....(((((.((((.((((((((((.((((.........((((.((........)).))))......)))))))))))))).))))..))))).. (-21.6)