mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACATGCACACATACATACGT GTGTTTATGTGGGCATGTGTT AAAAAGTTGTATACATGCACACATACATACGTACCAATATACGTATAAAAGTGCGTGTGTGTATGTGTTTATGTGGGCATGTGTTCGTGCGTG GCTCAATCAAGGACGCGTATGCCGTGTGCTAGGATGTTCTGAAAGTCCTTTAAGAAATGAAGTGCGCCCTTTGGAAACTGAAGTTACAGAAATTTGTGGCATTTTATCTCCGCAGACAATCAATCAAGTTGAACTTCCACTCGGCTAAATGAGTTGAAAATTCCGGCTTACATTTCTGTATCTCAGTTTCGCTTATATGAACTAGCATATGTGTTTGTGTACATAATTATCCGTGGCATGTAAGCAATACTTTCTGTTCCTGGAAAAAAAAGTCTAGACTTTTGCCTGTCTTTACAACTGTGTTTCCTGTCGTGTGGTGCGATCCAGGCGTTCTAGGTTGCACACACTCGTGGCTGTGACTCCGGGAAAAGGGTGACTCTCAGTGACACTAAACCCTGCTCTTGAACCTTCTGTGTAAAGTTTTACATTATGTTTCGAGATTTATGTGGTGGATATTGGAGCAGGTTCCAGTGCTTTAAAAAAAAAAGTTGTATACATGCACACATACATACGTACCAATATACGTATAAAAGTGCGTGTGTGTATGTGTTTATGTGGGCATGTGTTCGTGCGTGTGTATGTTCGTGGCAATATGGATTTGATAAAGTATATTACCGTTTATTGTCAGAAGAAAC 2 0 5' arm Penaeus_monodon mirnest 100 rno-mir-466d 0.0003 -33.8 .....((...((((((((.((((((.((((((((..((((((((((....)))))))))))))))))).)))))).))))))))....))... (-33.8)