mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTTT GAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAA AGTAGAGTTGTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTCCCCTATCAGTGCATTATTGGATGACCAAATGCGAATGGAAGAATGTTCTTTTAGACTAAGAATTTACCTAAATCAAAAAAAGAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAACAGCAACAACAA CTCTTCTCGTCTCGTCTCGTCTCGTCTCTCCTCGTCTCTCCTCTCCTCTCTCCTCTCCTCGTCTCTCCTCTCTCCTCTCCTCTACTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCCTTTTTTTTCCCTTTCCCTTTCTTATTCTTATTGTCTTTCTATCTTTCTAACTTTTTTTTATAAGGATTAGGATTTCTTCATAAAACAAGAGAGAAAATATTTCTGTGATGACCCATTCAAACACCTTTCACTTTATCCATACCTGCTTTAGACTGGACTTGGCAGTTTTAGTCAGTCACACAGTTAACATGAATTAGAGTGAGGCTGTGCTGTTATATTGAGTTGTATGATATTTAGTATGATAGTAGAGTTGTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTCCCCTATCAGTGCATTATTGGATGACCAAATGCGAATGGAAGAATGTTCTTTTAGACTAAGAATTTACCTAAATCAAAAAAAGAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAACAGCAACAACAACTAAACTTTGTAGTTTGTAGGTGTATGTGTATCTACAGGTGATTTTGTACATACATATTCGTAAGTGGGGAGAGTACAATTAAA 3 1 5' arm Penaeus_monodon mirnest 100 100 -35.9 ......(((((((((((((.((((.((((.((((((.((((((((...((.(((.((((((..(((....)))))))))..))).))..((....(((((.............))))).)).)))))))).)))))).))))..)))).)))))))))))))..... (-35.9)