mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTGGTTTTGTTTGG AAGATGAGCCAAGCATGATCA AAAGGAAAAAACAAGATGAGCCAAGCATGATCATTGCTGAGGCTTGGTGATGGGTACATTGGACTTCTTTATTCTGCTTTTTGGTTTTGTTTGGTTTTGTTTGGTTTTGGTTT ATGATACCCAGAATCTGAATTAAATGGGAAAGGAAAAAACAAGATGAGCCAAGCATGATCATTGCTGAGGCTTGGTGATGGGTACATTGGACTTCTTTATTCTGCTTTTTGGTTTTGTTTGGTTTTGTTTGGTTTTGGTTTTGTCTACTTTGGTATATGTTTGAAATATGCCATGATAAAACATTTTTGAAAGAAAGCATCAGAGATGCAAAGATTTGTATAAAAGATGTTAATTTTTAGTTGCAAAAAACTGTGCAAACAGCATAAGAGTGCTATGCCAGGATGGGTAAACAGATCACGCTGCATCCAAACAGTGGAATATTATGCAGCCATTAAAAATTCCAGGCTGTTTCAATGCCATGCAAAAATGCTTACACTGTAAAGCAAAGAAGTAGGATACGAAATTGCATATGCAGTATTTAACTAATTGTGTTAAACAGTGCATAGAAGGAAAACTATATGAAAATACACCAACACATTTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTGTCGGCCGCCTCGGCCCTCGAGAAGCTTTCTAGACCATTCGTTTGGCGCGCGGGCCCAGTAGGTAAGTGAACATGGTCATAGCTGTTTCCTAGGAGATCCTGGTCATGACTAGTGCTTGGATTCTCACCAATAAAAAACGCCCGGCGGCAACCGAGCGTTCTGAACAAATCCANATGGAGTTCTGAGGTCATTACTGGATCTATCACCAGGAGTCCANGCGAGCTCGATATCAAATTACGCCCCGCCCTGCCNCTCATCGCAATACTGGTGGTANTTCATTAGGCATCCTGCCGACATGGAAGCCNTCCCCAACGGGCAGGAGNAACCTGAATCNCCNGCGGCATCACCCCTTGTCNCCTTGCGTANAANTTTGCCCAGGGGAAACNGGGGGCCAAAAAATT 4 0 3' arm Ursus_americanus mirnest 100 100 -30.4 ....((((...((((..((((((((((.(((((.....(((((..((.((.((((.......)))).))...)).))))).))))).))))))))))..)))).))))..... (-30.4)