mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTTTTTTTTTTTTTT AAGGAAGGCAAGATATAAAAT CTGACATGATATGTGTTGTTAGAAGGAAGGCAAGATATAAAATAAACAGTTTATACCGAACGCTACCATTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAACACATATATTCT TTGCCCTACAAACATGCTTGGACACTTGCAAAATGATATGTATGTAAGGATACTCACTGCAACACTTTTTAAATAATAAAATATTGGAAACATCTTCAATGTCCATCAAAAGGCATCTGGTTAAATAACTTATGATACATGAAAACAATGGAATGTTATGAAGCCATTAGGATGAATAAGGCAGCCCGTATGTGCTGACATGATATGTGTTGTTAGAAGGAAGGCAAGATATAAAATAAACAGTTTATACCGAACGCTACCATTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAACACATATATTCTGGAACTTGAAGAATATATATAATATATACTACCTATGCTTATATGATATATAAAATACATATATACATATTATATATATTTAAAGATTATCTGTGG 1 0 3' arm Ursus_americanus mirnest 100 100 -23.9 ........((((((((((((((((((((((.((((((((((.......((((.....)))).......)))))))))).))))))))))..))))))))))))..... (-23.9)