mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACATACTTCTTTATGTACC ATGTAAAGAAGTACGTATTT ACTTAGTAAAACCTACTCAGAGTACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATACAATGCTATGGAATGTAAAGAAGTACGTATTTTTGGTAGGCAATAAACTG GGAAAATAAAACATTTCATGTTTTTACAGCTGACAACTTAGTAAAACCTACTCAGAGTACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATACAATGCTATGGAATGTAAAGAAGTACGTATTTTTGGTAGGCAATAAACTGCCAGGAGGGAACTACACTGCAGCTAAAAGAAGCCTTTGCTTCTTTCTATGTGAATGACCTTCATATGGTAAATTAACCTGGTATCAAAGAGATGACCTTTGGCAATACTAACACCATAAAAATGTACGTACTACTTTTAGATGGAGACTAAATGCTGGGAAGATTTCTATTTGTGAAGAAAAAAAAAAAGTTCAACTAAGGAGATTTAAAATTATCATGAAACTCCTTTTAAATGTGCTTTACACATTTTTAAATTAAGTACTCACATGATTAAAATTTGAATACAG 3 0 5' arm Ursus_americanus mirnest mir-1 8e-30 hsa-mir-1-2 1e-40 -29.1 ...........((((((.(((((((.(((((((((((((..(((((..............))))).))))))))))))).))))))).)))))).......... (-29.1)