mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTTTTTTGTTTTTGTTTTT TGATTAGACATGAGGAATCTGT ATAGACAGGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGAATGCTTTTGAGTCTTAATAGATTTCTTCCACGTTTAAAACCCTAACATGGAATCAAAGACTAAAAGGATGAGCTGATTAGACATGAGGAATCTGTCAA ATAGACAGGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGAATGCTTTTGAGTCTTAATAGATTTCTTCCACGTTTAAAACCCTAACATGGAATCAAAGACTAAAAGGATGAGCTGATTAGACATGAGGAATCTGTCAAAGGTTTTACCATATAGTATTAGGAGCATTGTCGGAAAATGATTCTTTAATAAATATGTAAAACATTCGTTTTGGAACTGCCTTACTTTTAATATCATGGTAGTTTTCACCTAGCTTATATTCCATGTTTCACACATTAGCTCCCTGTACCCCCACCATGAGAGTTCCTTTAGTTTGAGAGGAGATTATCTAATTCTTGATCTACTTATAAGTAATCCTAGAATTTTTACAAAAAGCACCTATTGCATCATGAGACAACTGGTATTCCCATGCCATTATTCAGAGTTGTATCTTTTTTTCATTTGCTGTTAAAAAATTATATTCAACATGGAAATATTTATTGAACACGTACCTTGTGCTATGTACTGTGTCAGATGCTGGGTATACACGATGAATGAAAGACTCTTTCCTAATAGAACTGGAGCCCTGTGAGCTCAAATCTGTGAAAGCTAGAATGTATAATTGTGCTATTAGTTTTGCCAACATTTAACACGTTCTTGTCAAATTTTAAATGTTATACAAAGGTAACCTAGGTTTTGATGTATATCCAGAACAAGAATCTGTTTTTCTTTTCTAAAGAGTATCTGCACAGAACCCTCAGA 3 0 5' arm Ursus_americanus mirnest 100 100 -29.1 ...((((((((((((((.((((.((.((((....(((((.((((((....(((....((((.(((.........))).))))))).)))))).))))).))))..)).)))).)))))))))))))).. (-29.1)