mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTTTTTTTGTTTTGTTTTT AAGCCTACAGTTAGCCTCC TTATACAACAAAAAGCCTACAGTTAGCCTCCTTTCTAGAGTATACGTTCAGCGACATGATCTCATAAAAGAAAAAAAAAGGTTAAGTATTCTATATACCAAGGTTTTTTTGTTTTGTTTTTACTGTATTT AGTCCTCACTGCACTAAAATTAAATTGGACAGAGCTACAGTAACTCTTCACCCCATCATTATACCAATGCTCATCAGACTGATGCAAAAGAGGAGAGAACAGTCCCTCCTAGATACTGAGGCTGCGAACTAGGTCTGTGGCAGTGGGCTAGCATAAGTGGATGTCTAGGAAATTTTTTGGTTCGTGTAACCGAACTAAATGTTATACAACAAAAAGCCTACAGTTAGCCTCCTTTCTAGAGTATACGTTCAGCGACATGATCTCATAAAAGAAAAAAAAAGGTTAAGTATTCTATATACCAAGGTTTTTTTGTTTTGTTTTTACTGTATTTATTTTATTAAGATTCTTTATATTTCTGCCTCTTCATAGTCAAGGCTCCTAGTACAGAAATATTGACTTAGGAATTGTGAAAACTCCTTAAGTTTCTTAAGGA 4 2 3' arm Ursus_americanus mirnest 100 100 -17.8 ..(((((...((((((..((((..(((((......((((((((..(((....))).((((((................)))))).)))))))).......)))))...))))...))))))..))))).. (-17.8)