mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTTTGTTTTGTTTTT GTCGCAAGAGAAGTTACAGTTC CCTTTAAAAAGAGTCGCAAGAGAAGTTACAGTTCAGGTGAACTTGGAGATTGTGGGATTGGTTTCGTTTCTGTTTTGTGTTTTGTTTTGTTTTTTTATCATTT CGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCGAGGAAGCGGCCGCATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTATCAGTCGACGGTACCGGACATATGCCCGGGAATTCGGCCATTACGGCCGGGGCTGCTGAAAGATTTTCAGGACTGTGTGGTTTTGGGGGGGAGGGGGAGTTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTAAAGGCAAAGTTGACCACTGTTCACTGCCCACGTGATCAGTTGTAGGATTACAATGCTGCATGCTAGTTGGTTACATAATACACAATTCAGTGACTGAAGGCGGTGGTAATGGATGGTGGTGTGTACAAGATGGCACTGCTCTCTTTGAACAGAGCCTGGCTCTGCAGTGCCACTTCATCTTTTTTAAACACCCTAGTGCTCTGTTTGTTGTTGGTGGTGCCGTTTCCTTTAAAAAGAGTCGCAAGAGAAGTTACAGTTCAGGTGAACTTGGAGATTGTGGGATTGGTTTCGTTTCTGTTTTGTGTTTTGTTTTGTTTTTTTATCATTTACCTGTAGTGCTATTGCTGTTGGTACTATCAC 4 1 3' arm Ursus_americanus mirnest 100 100 -17.1 ........(((((..((((((.(((.(((((..((((.(((((....((((....)))))))))....))))..))))).))).)))))).)))))....... (-17.1)