mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATACATACACAGACACGA GGTTCTGTGTGTGTGTGTATA ATTTGTTTAAATATATACATACACAGACACGAAAAAAATGCCATGAAGAAGCTGATAGATTTCGTATGATCGTATGCTGCATACAAAAATTGACGGCAAATGGATTTTCCTCAATTTTTTTGAAAATTTTCAATTCGCTTCTCTTAGGTTCTGTGTGTGTGTGTATACGTACGTA TCGGCGTGTAATCGTTACATTTTTTAGATTTCCAGGTTACGTTCGTCTTTTTCCGTTTGGTATTTGTTTAAATATATACATACACAGACACGAAAAAAATGCCATGAAGAAGCTGATAGATTTCGTATGATCGTATGCTGCATACAAAAATTGACGGCAAATGGATTTTCCTCAATTTTTTTGAAAATTTTCAATTCGCTTCTCTTAGGTTCTGTGTGTGTGTGTATACGTACGTATTTTATATATGTATTTGTTCTTCCTTCTTGGGTGTGTGTGAGTGTCCTTACTTATTAGGATTAAATAAGTGTGTACAAATACATATATAAATCAGGGGAAATCACATAGCACTTAAAATTATATAGTCAAAGTGGAA 5 0 5' arm Drosophila_sechellia mirnest 100 100 -38 ...(((....(((((((((((((((((............(((..((.((((((((.((.(((((...((..(((((...)))))..(((((((.((.(((....))).))))))))))).))))).)).)))....)))))))...))))))))))))))))))))....))).. (-38)