mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATACATACATACATATATAT ATACGTGTGTGTGTGTGTGTT TTTATTTTATATTAGCAGCAATATACATACATACATATATATACTTTGTAATTCGTATAACTTTTTAATTGCTTACATGCTAACTAATGTCTTTTTACTATACGTGTGTGTGTGTGTGTTCGCTGAGCATTCATCCCA GTTTTTATTTTATATTAGCAGCAATATACATACATACATATATATACTTTGTAATTCGTATAACTTTTTAATTGCTTACATGCTAACTAATGTCTTTTTACTATACGTGTGTGTGTGTGTGTTCGCTGAGCATTCATCCCATAAAATTCGTTCAGAAATGTCACATGGTTCATAGTTCATCCTTGGCTGGCTTTCTACCCTATTAATCTGAATCTGACGATATATTGGTACAGGAATCGCGAGCAATGCGTTTGTTTATGGGATTGTAGATTCCATTGAGCGGATAGGGACCGCGATAGCTTATAATATTCNTTGGGTGTCTCATGAATTTCCACCTCATAC 2 0 5' arm Drosophila_auraria mirnest 100 100 -24.7 ...............(((((((((((((((((((((.((((......((((........((...(((.((((......)).)).))).))....)))))))).))))))))))))))))).))))............. (-24.7)