mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTGTGTTTTCTTCTTTCT CGAGAAGAGGTAATGAAAGCG TAAAAATAACGTCGAGAAGAGGTAATGAAAGCGAAGCTGACGAACTTGATAAAAAAGGAGCTACATCTTCCAGCAAGAAAACTTATGATTATCCGACCAAATTGAACTACCTGTTTCGAGATGCTCGCTTTTTTCTGATCAAAAGTAATAATCAGGAGAATATCGATTTGGCAATGTCGCTTGTGTGTTTTCTTCTTTCTGTTTTCTGC ATTCCAATTCATTAACTGTCTGATAACAAACAAACAACTGTCTGATAAACCCTGTTTGCTTGAAAATGGCCACAGCTGACATAGATGAAGTTTTAGGACCAGCAGATGAAACTGAGGAAGTTGAAGGGCCAGAATATGATTCCCATTCAGAAGTCACTTCTGAGGAAGATGCTCTTGATGAGCAAGATAATGTTTCCAGGGAGTCAGTGTCTTCAGATGAAGACTTCAGAGATGAAATTGAAGAAGAGGTAAAAATAACGTCGAGAAGAGGTAATGAAAGCGAAGCTGACGAACTTGATAAAAAAGGAGCTACATCTTCCAGCAAGAAAACTTATGATTATCCGACCAAATTGAACTACCTGTTTCGAGATGCTCGCTTTTTTCTGATCAAAAGTAATAATCAGGAGAATATCGATTTGGCAATGTCGCTTGTGTGTTTTCTTCTTTCTGTTTTCTGCGTTTATTTACTCTGTTATTTTTTCTCCTTTGTGGTGGAAAGTGTGCTCATTGCCTTATTAAATTTTAAACTTTGAGCTTTATTTATTTTCCTTATGTTATGTTTTGAGCTCTGAAAATAGTCTAAATGCCAAACTACTTTTTCTTTTTTATCAAATTTAATTTAT 5 0 3' arm Artemia_franciscana mirnest 100 100 -38.304 .......((((..(((((((((..(((.((((((.(((((.....((((((.(((((((((...(((((..((((....................................))))..))))))))).)))))(((((((...........)))))))...)))))).)))))....)))))).)))..)))))))))..))))...... (-38.304)