mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTGGTCATCCTTACAGTC CTTAAGATTGATTAAGGCT ACCTGGACAAACAAGTAACGTCGCTTCGGATTAATGTTGATTAAGGCGCCTGCTTAAGATTGATTAAGGCTGAATAGATAAGGTTCTTCCGTATTGCAGACCTGGTTGATGTTGGTGGTCATCCTTACAGTCACCGCCTTCTCACTCATCTCCCTGTATACGTCGCTCGTTTCGGTATTTG GTACAAAAAAGTTGGCTATAAGGCCTGTGAGGCCATGTTGAGCGTGACCGCACCATATTCGTCTGTGGAGCATAACCTGGACAAACAAGTAACGTCGCTTCGGATTAATGTTGATTAAGGCGCCTGCTTAAGATTGATTAAGGCTGAATAGATAAGGTTCTTCCGTATTGCAGACCTGGTTGATGTTGGTGGTCATCCTTACAGTCACCGCCTTCTCACTCATCTCCCTGTATACGTCGCTCGTTTCGGTATTTGGTAAGCTCATTCCACATTTTTGATAAAAAAATTCATGAGAAACTTTTAGTCATAAACTGTTCAAATTGTAGATTTTTCTGCCAAAAATCCAAGAAAAATATTTTCTAAAAAAGTATATTTTTCGCTGATTTCGACCATGATTGGGAACTTCTCTGCTCTGAATATCTAGTGGGCAAGTAATGACATCGATAAGGAGAGAACGCTCTGCTGAGAAAATTCTGGGCCAACAATCAGACAAAAATATATTTTTTAAATATGCATACGATTGCAGGCCCGATCTCGGTCACGTTCCTCTCCGGTCCCACCCATCCACTGGATGCCGCGCACAATACGGAGTCGCGCGTGCACCTGACCGACCATTTCCTGCCCTCGCTATCGGTGCATCCTTCCTTGCAAGTAAGAGTTACGGTTTCGTATTAGA 4 2 3' arm Pristionchus_pacificus mirnest 100 100 -34.6 (((.....((((.(((.((((.((...(((...(((.(((..((((((...(((((((..((((((.(((......(((.(((((.............))))).)))...)))..))))))..)))).)))...)))))).)))..))).)))..))..)))).))).)))).)))..... (-34.6)